引き渡しが終わっても、売却は終わりません。最後に、翌年の確定申告が残っています。ここまでに積み上げた取得費、譲渡費用、特例を、紙の上で形にする作業です。
期限は、売った年の翌年2月16日から3月15日までです。「申告書第三表（分離課税用）」と「譲渡所得の内訳書」の2つを使います。特例を使うなら、その特例ごとに添付書類がつきます。
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1. 申告と納付は、売った翌年に3回ある
売った年のうちは、税金の手続きは何もありません。手続きは翌年に進みます。
売ってから納め終わるまでの日程が決まっている
住民税の時期は、忘れやすいです。3月に所得税を納めて終わったつもりでいると、6月に大きな納付書が来て慌てます。売却代金は使い切らず、税金の分を先に別口座へ寄せておきます。
2. 売却のもうけは、給与と合算しない
不動産の譲渡所得は、給与や事業の所得と合算せず、別枠で税率をかけます（分離課税。租税特別措置法31条・32条）。
給与とは別の枠で計算する
給与が高い人でも、売却益の税率は変わりません
やり方逆に、売却益が出ても給与の税率は上がりません。それぞれの枠で計算します。
税率は所有期間で2通りに分かれる
売った年の1月1日で、5年以下か5年超かを見ます
やり方5年以下は短期譲渡所得で39.63%（所得税30%＋復興特別所得税＋住民税9%）。5年超は長期譲渡所得で20.315%（所得税15%＋復興特別所得税＋住民税5%）です。
注意買った日から5年ではありません（「不動産を売った税金は、給与と別に計算し、5年で税率が2倍変わる」）。
3. 用紙は2つ、添付書類は特例ごとに違う
確定申告書の第一表・第二表と、第三表（分離課税用）を出します。それに「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）〔土地・建物用〕」を添えます。内訳書に、売った物件、買ったときの金額、費用、使う特例を書きます。
| 使う特例 | おもな添付書類 |
|---|---|
| 共通 | 売買契約書の写し（購入時・売却時）、仲介手数料などの領収書の写し |
| マイホーム3,000万円控除 | 売った家屋の登記事項証明書。住民票の住所が違う場合は戸籍の附票など |
| 空き家の3,000万円控除 | 被相続人居住用家屋等確認書（市区町村が発行）、耐震基準適合証明書など |
| 10年超の軽減税率 | 登記事項証明書（所有期間の確認） |
| 相続税の取得費加算 | 相続税の申告書の写し、取得費加算の計算明細書 |
市区町村が出す確認書は、申請から交付まで数週間かかることがあります。3月に入ってから動くと間に合いません（「売却の特例は4つ。3,000万円控除には3年の期限がある」）。
4. 税額がゼロでも、申告はする
特例を使って税額がゼロになる場合でも、申告しなければ特例は適用されません。「払う税金がないから出さなくていい」は、この場面では通りません。
申告して初めて特例が使える
税額がゼロでも、期限内に出します
やり方3,000万円控除も、軽減税率も、取得費加算も、申告書に書いて初めて使えます。
税務署は、売ったことを知っている
法務局からの情報で、誰が売ったかは把握されています
問題申告しないと、まずお尋ねが届きます。
注意期限の後に出すと、加算税や延滞税がかかることがあります。
【モデル事例】高橋さんは自宅を売り、もうけが2,400万円出ました。3,000万円控除で税額はゼロになると聞いて、申告しませんでした。翌年、税務署からお尋ねが届き、期限の後に申告することに。特例そのものは使えました。手間と不安が残りました。人物と金額は架空です。
5. 納めた後に、まだ来るものがある
所得税は3月15日までに納めます。振替納税なら4月中旬の引き落としで、半分を納めて残りを5月末まで延ばす延納も選べます（利子税がつきます）。そのあとに、次の3つが来ます。
住民税が始まる
申告した年の6月から始まります
やり方会社員なら給与天引きが増えるか、普通徴収の納付書が自宅に届きます（地方税法32条・313条）。
保険料と、医療費の窓口負担が上がる
翌年度に上がる
やり方国民健康保険料と後期高齢者医療の保険料は所得で決まるため、翌年度に上がります。
注意一定の所得を超えると、窓口負担が1割から2割・3割へ上がることがあります。高齢の親が実家を売るときは、ここで窓口負担が大きく変わります。
ふるさと納税の上限が増える
売却益の分だけ、上限が増えます
やり方売った年の分が増えます。その年のうちに使わないと、翌年には元に戻ります。
まとめ
- 売った翌年の2月16日から3月15日に申告し、第三表と譲渡所得の内訳書を使います
- 譲渡所得は給与と合算せず、税率は売った年の1月1日で5年以下か5年超かで決まります
- 添付書類は特例ごとに違い、市区町村の確認書は早めに用意します
- 税額がゼロでも、申告しなければ特例は使えません
- 住民税は6月から始まり、保険料と医療費の窓口負担にも、翌年度から響きます
まず、今日できること
- 売買契約書と領収書を1つの封筒にまとめ、申告まで動かさない場所に置きます
- 使う特例を1つ決め、その特例に要る添付書類を書き出します
- 売却代金のうち、所得税と住民税に充てる分を別の口座へ移します
次に読む：大家の所得税は、家賃から経費を引いた不動産所得にかかる／賃貸経営の次の一手は、増やす、法人にする、売るの3つがある
出典
- 所得税法120条（確定所得申告）、128条（納付）
- 租税特別措置法31条・32条（長期・短期譲渡所得の課税の特例）、35条（居住用財産の特別控除）、41条の5・41条の5の2（居住用財産の譲渡損失）
- 地方税法32条・313条（住民税の所得割の課税標準）
- 国税庁「譲渡所得の申告のしかた」「確定申告書付表兼計算明細書〔土地・建物用〕」
※確認日：2026年9月3日。保険料や窓口負担の基準は、制度改正で変わります。本記事は一般的な仕組みを説明するもので、個別の税務相談ではありません。高齢の方が売る場合は、保険料と窓口負担への影響を事前に税理士にご確認ください。
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税理士・宅地建物取引士。自身も賃貸物件を持つ大家の立場から、法人化・相続・不動産管理まわりの税務を、制度と判例にもとづいて解説しています。記事内の事例はすべて架空のモデルケースです。制度・税率・判例は年度で変わります。個別具体的な判断は、不動産税務に強い税理士へご確認ください。